Да, каждое включение замедляет вашу программу, но это еще не все.
Если вы декомпозируете свою программу по многим файлам, есть момент, когда вы включаете / парсинг / выполняете наименьшее количество кода, против накладных расходов на включение всех этих файлов.
Кроме того, наличие большого количества файлов с небольшим кодом не так уж и плохо, потому что, как вы сказали, использование таких вещей, как eAccelerator или APC, является тривиальным способом вернуть себе дерьмовую производительность. В то же время вы получаете, если верите в них, все замечательные преимущества наличия и объектно-ориентированной кодовой базы.
Кроме того, медленно для каждого запроса! = Не масштабируется.
Обновлено
Как и требовалось, PHP все еще быстрее работает с массивами, чем классы. Я смутно помню проект доктрины ORM, и кто-то сравнивал гидратацию массивов с объектами, и массивы выходили быстрее. Это не на порядок, это заметно, однако - это по-французски, но код и результаты вполне понятны. . Просто обратите внимание, что в доктрине много используют магические методы __get и __set, и они также медленнее, чем явный доступ к переменным, к этому можно отнести часть замедления гидратации объекта доктрины, поэтому я бы отнесся к этому как к наихудшему сценарию. Наконец, даже если вы используете массивы, если вам нужно много перемещаться в памяти, или тонны тестов, таких как isset, или функций типа 'in_array' (это порядок N), вы снизите производительность выгоды. Также помните, что объекты - это просто массивы внизу, интерпретатор рассматривает их как особые. Лично я предпочел бы лучший код, чем небольшое увеличение производительности, вы получите больше преимуществ от более умных алгоритмов.