Я бы предложил сохранить старые файлы и просто перезаписать их. Таким образом, время простоя ограничивается перезаписью одного файла, и за один раз пропускается только один файл.
Не уверен, что это помогает в «веб-приложении», хотя (я думаю, вы говорите, что это то, что вы используете), поэтому мы всегда используем «веб-сайты». Также с развертыванием «веб-сайтов» не перезагружается ваш сайт и не удаляются все пользовательские сессии.