Мы можем использовать apply
по строкам и расположить строку таким образом, чтобы получить индексы последних двух значений, отличных от NA, и выбрать оставшиеся индексы.
df[] <- t(apply(df, 1, function(x) {
inds <- tail(which(!is.na(x)), 2)
c(x[inds], x[setdiff(seq_along(x), inds)])
}))
df
# V1 V2 V3 V4 V5 V6 V7 V8
#1 8 4 A B F B J R
#2 7 5 B A <NA> <NA> <NA> <NA>
#3 1 9 C <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
data
df <- structure(list(V1 = structure(1:3, .Label = c("A", "B", "C"),
class = "factor"), V2 = structure(3:1, .Label = c("1", "A", "B"),
class = "factor"), V3 = structure(c(3L, 1L, 2L), .Label = c("7", "9", "F"),
class = "factor"),V4 = structure(c(2L, 1L, NA), .Label = c("5", "B"),
class = "factor"), V5 = structure(c(1L, NA, NA), .Label = "J", class = "factor"),
V6 = structure(c(1L, NA, NA), .Label = "R", class = "factor"),
V7 = c(8L, NA, NA), V8 = c(4L, NA, NA)), class = "data.frame",
row.names = c(NA, -3L))