Пакет R 'data.table' не может быть установлен. - Mac Air

Question

Мой ноутбук - Mac Pro. Версия ОС 10.15 Каталина. Версия студии r 1.2.5001. Версия R - 3.6.1.

Я попытался установить «WGCNA», но это не удалось из-за следующей ошибки:

Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : 
  there is no package called ‘data.table’
Calls: <Anonymous> ... loadNamespace -> withRestarts -> withOneRestart -> doWithOneRestart
Execution halted
ERROR: lazy loading failed for package ‘WGCNA’
* removing ‘/Users/zhaoboao/Library/R/3.6/library/WGCNA’

Поэтому я установил «data.table»,но это также не удалось из-за следующей ошибки:

* installing *source* package ‘data.table’ ...
** package ‘data.table’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** using staged installation
** libs
clang -I"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include" -DNDEBUG   -isysroot /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk -I/usr/local/include -fopenmp -fPIC  -Wall -g -O2  -c assign.c -o assign.o
clang: error: unsupported option '-fopenmp'
make: *** [assign.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘data.table’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/data.table’

Может кто-нибудь помочь мне решить эту проблему? Я действительно ценю это!

Answer 1

Прежде всего ... добро пожаловать в то, что я считаю лучшим онлайн-сообществом для R пользователей! (хотя другие могут не согласиться)

Чтобы ответить на ваш вопрос, я абсолютно сочувствую вашему разочарованию. У меня также было ужасное время, пытаясь заставить пакет data.table установить в R после обновления до Catalina. Будучи немного лучше, чем новичок с терминалом в лучшем случае, я все еще нуждаюсь в умеренном количестве рук, которые, как я думаю, составляют и многие другие. Единственный набор пошаговых инструкций, который работал для меня, был выложен на The Coatless Professor .

На заметку, я установил обновленные версии clang и gfortranиспользуя clang-8.0.0 и gfortran-6.1 соответственно. Оба из них можно найти в R для Mac OS X Средства разработки и библиотеки, выбрав эту ссылку . Однако, если вы используете пошаговые инструкции, я бы посоветовал устанавливать их, когда они были подняты.

Я упоминаю об этом только потому, что их легко пропустить, но самое последнее - убедиться, что вы используетеправильная версия clang при выполнении шага № 3 в разделе УСТАНОВКА ДВОЙНОГО ПОЛОЖЕНИЯ CLANG7 R. В моем случае мне пришлось изменить версию 7 clang на 8, изменив echo 'PATH="/usr/local/clang7/bin:${PATH}"' >> ~/.Renviron на echo 'PATH="/usr/local/clang8/bin:${PATH}"' >> ~/.Renviron.

Надеюсь, это поможет!