setTimeout не имеет ни малейшего понятия, что он не должен работать, поэтому он работает. Поэтому, если вы не хотите, чтобы он выполнялся, вам нужно отменить его. Два разных способа в зависимости от того, что вы хотите, чтобы.
var myTimer = null;
var header = $(".site-header");
var win = $(window);
win.on("scroll", function() {
if (myTimer) {
window.clearTimeout(myTimer)
}
if ($(win.width() > 640) {
var scrollTop = win.scrollTop();
if (scrollTop > 50) {
header.addClass("scrolling");
myTimer = setTimeout(function() {
header.addClass("show-logo");
}, 500);
} else {
header.removeClass("show-logo scrolling");
}
} else {
header.removeClass("show-logo scrolling");
}
});
или
var myTimer = null;
var header = $(".site-header");
var win = $(window);
win.on("scroll", function() {
if ($(win.width() > 640) {
var scrollTop = win.scrollTop();
if (scrollTop > 50) {
header.addClass("scrolling");
if (!myTimer) {
myTimer = setTimeout(function() {
header.addClass("show-logo");
}, 500);
}
} else {
header.removeClass("show-logo scrolling");
if (myTimer) {
window.clearTimeout(myTimer)
myTimer = null
}
}
} else {
header.removeClass("show-logo scrolling");
}
});