Если вы можете гарантировать, что вы всегда генерируете правильно анализируемый код (что должно быть легко достижимо при правильном экранировании и т. Д.), То единственный способ, которым это может пойти не так, - это когда процесс записи файла прерывается (например, питание отключение, нехватка памяти, уничтожение процесса и т. д.). В этом случае вы получите неполный файл.
Вы можете защитить от частичной записи, добавив подпись в конец файла и проверив ее наличие перед вызовом include ().
Например, если вы напишите <?php $complete=1; ?>
в конце, вы можете проверить его наличие позже:
$contents = file_get_contents($path);
if (strpos($contents, '<?php $complete=1; ?>')) {
include($path);
}