Запустите команду file на платформе из терминала:
file /Developer/Platforms/iPhoneOS.platform/Developer/SDKs/iPhoneOS3.1.sdk/System/Library /Frameworks/UIKit.framework/UIKit
Вы должны получить сообщение о том, с какими архитектурами совместим двоичный файл UIKit. Если вы не видите «i386» в списке, то вам каким-то образом удалось удалить версию UIKit для i386, что будет означать, что вы не можете собрать для симулятора. Чтобы это исправить, вам придется переустановить SDK.
Если вы получите какую-то другую ошибку, надеюсь, это поможет вам выяснить, в чем заключается настоящая проблема.