Да, это вполне возможно. Пока вы не создаете FBML-приложение, вы можете использовать любой Javascript, какой захотите. Приложения IFrame и сайты Facebook Connect хороши.
У меня есть несколько приложений, использующих MooTools и / или JQuery, а также FB Connect без каких-либо проблем. Вы правы насчет пространства имен ... Facebook попытался изолировать их функциональность в пространстве имен FB
, поэтому больше нет конфликтов с общими глобальными функциями.