Если вы используете позиционируемый элемент, такой как div, вы должны убедиться, что стиль z-index установлен на значение выше, чем у любого другого элемента.
Конечно, страница, которую вы загружаете в iFrame, также может делать именно это. Поэтому вам может потребоваться использовать таймер (setTimeout) для задержки, скажем, до 500 мс, а затем получить текущий максимальный z-индекс и добавить к нему 1.
Кроме того, поскольку вы ничего не знаете заранее о странице, отображаемой в iFrame, вам фактически придется вручную искать все элементы, содержащие стиль z-Index. Если у вас есть коллекция этих элементов, получите самое большое значение z-Index.
Я бы определенно посмотрел на использование jQuery, чтобы сделать это намного проще.