Если вы только что добавили подмодуль и, например, вы просто добавили неправильный подмодуль или добавили его в неправильное место, просто выполните git stash
, затем удалите папку. Это предполагает, что добавление субмодуля - единственное, что вы сделали в недавнем репо.