мы сидим за брандмауэром и пытаемся запустить образ docker (cBioportal). Сам docker может быть установлен с прокси, но теперь мы сталкиваемся со следующей проблемой:
Starting validation...
INFO: -: Unable to read xml containing cBioPortal version.
DEBUG: -: Requesting cancertypes from portal at 'http://cbioportal-container:8081'
!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
Error occurred during validation step:
Traceback (most recent call last):
File "/cbioportal/core/src/main/scripts/importer/validateData.py", line 4491, in request_from_portal_api
response.raise_for_status()
File "/usr/local/lib/python3.5/dist-packages/requests/models.py", line 940, in raise_for_status
raise HTTPError(http_error_msg, response=self)
requests.exceptions.HTTPError: 504 Server Error: Gateway Timeout for url: http://cbioportal-container:8081/api-legacy/cancertypes
The above exception was the direct cause of the following exception:
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/bin/metaImport.py", line 127, in <module>
exitcode = validateData.main_validate(args)
File "/cbioportal/core/src/main/scripts/importer/validateData.py", line 4969, in main_validate
portal_instance = load_portal_info(server_url, logger)
File "/cbioportal/core/src/main/scripts/importer/validateData.py", line 4622, in load_portal_info
parsed_json = request_from_portal_api(path, api_name, logger)
File "/cbioportal/core/src/main/scripts/importer/validateData.py", line 4495, in request_from_portal_api
) from e
ConnectionError: Failed to fetch metadata from the portal at [http://cbioportal-container:8081/api-legacy/cancertypes]
Теперь мы знаем, что это проблема брандмауэра, потому что она работает, когда мы устанавливаем ее вне брандмауэра. Но мы пока не знаем, как сменить брандмауэр. Наша идея заключалась в поиске файлов и строк, которые выдают ошибки. Но мы не знаем, как просматривать файлы, так как они находятся в пределах docker.
. Поэтому мы не можем просто сделать что-то вроде vim / cbioportal / core / src / main / scripts / importer / validateData. py
... потому что ... там ничего нет. Конечно, мы знаем, что этот файл находится в изображении docker, но, как я уже сказал, мы не знаем, как его изучить. На данный момент мы не знаем, как решить эту загадку - любая помощь приветствуется.