Я решил проблему - проблема с Phusion Passenger заключается в том, что путь root - это не '/', а '/ yourAppURL' (в моем случае '/ w2' (https://futuristicon.com/w2/) ).
Действительно странно, поскольку root равно '/' во всех других средах (как я уже упоминал в этом вопросе - приложение работало безупречно в Heroku & localhost env).
Важно : маршруты, отличные от root, не будут работать из коробки. По какой-то причине вам придется вручную создать пустую папку с именем, соответствующим параметру маршрута, внутри папки, в которой находится ваш .htaccess. живет.
Например, если вы хотите создать маршрут, подобный следующему:
app.get('/w2/signup', (req, res) => {
res.send('Signup!')
})
Вы должны будете создать новую папку с именем регистрации (не папка приложения root, но папка URL вашего приложения)