Git parent (подмодулей) будет отслеживать ветви и идентификаторы тегов подмодулей при фиксации. Это гарантирует, что когда вы проверяете родителя (в известной версии), подмодули также будут содержать свои правильные теги.
Если, как указано выше, это просто игнорируемый подкаталог, то в основном это два независимых репозитория git, как если бы они не были частью иерархии файловой системы.