Go в настройках GitHub организации. В разделе «Сторонние приложения» нажмите «Удалить ограничения». После этого я смог увидеть все репозитории при открытии из Google Colab.
Затем я отменил изменение, снова включив ограничения на той же странице настроек GitHub.
Затем я попытался открыть личный файл из Google Colab. На этот раз у меня появилось новое всплывающее окно с запросом доступа GitHub к организации. После разрешения я вижу все репозитории из организации.