Создайте новый файл класса, назовите его yourmaster.master.cs (Visual Studio автоматически сгруппирует его с .master) и переместите к нему код, ссылаясь на него на главной странице.
Затем щелкните правой кнопкой мыши свой проект и нажмите «Преобразовать в веб-приложение», и Visual Studio создаст файл конструктора.