Вы должны каждый раз создавать новую фигуру. Попробуйте положить
fig, ax = plt.subplots()
внутри вашего l oop:
for i in range(1,len(df.columns)):
for j in range(i+1,len(df.columns)):
fig, ax = plt.subplots() # <-------------- here
for k in range(len(df[str(i)])):
ax.scatter(df[str(i)][k], df[str(j)][k], color=colors[df['Label'][k]])
ax.set_title('F%svsF%s' %(i,j))
ax.set_xlabel('%s' %i)
ax.set_ylabel('%s' %j)
plt.savefig('/Users/Alessandro/Desktop/tmp/F%svsF%s' %(i,j))