Любой индекс, включающий столбец URL, скорее всего, вам не поможет, потому что ядру базы данных все еще нужно просмотреть содержимое этого столбца, чтобы проверить, соответствует ли содержимое регулярному выражению.
Что может помочь вам, в зависимости от того, сколько уникальных значений IDSITE у вас есть, это либо разместить индекс на IDSITE, либо сделать начальный выбор WHERE IDSITE = 34, и использовать этот подзапрос в качестве цели вашего запроса по URL.
Что-то вроде:
select
idurl,
url
from
(select idurl, url from uwe_url where idsite = 34)
where
url REGEXP '^https\\://www\\.domain\\.com/checkout/step_one\\.php.*'
Но я почти уверен, что вы не сможете обойти текстовый разбор для совпадения столбца URL.