Использовать элемент Directory с Id, установленным в AppDataFolder :
<Directory Id="AppDataFolder">
<Directory Id="MyAppFolder" Name="My">
<Component Id="MyComponent">
<File Source="Files\test1.txt" />
</Component>
</Directory>
</Directory>
Это приведет к установке test1.txt в C: \ Users \ username \ AppData \ Roaming \ My в Windows 7 и в C: \ Documents and Settings \ username \ Application Data \ My в Windows XP.
MSDN имеет список свойств , которые можно использовать для ссылки на специальные папки.