У меня были проблемы с выполнением Clean через MSBuild в VS2008, когда проекты были зарегистрированы для COM-взаимодействия.
Проблема в том, что «Чистая» цель, автоматически сгенерированная для решения, очищает проекты в том же порядке, в котором они были построены.
Это вызывает проблемы для проектов, зарегистрированных для COM, когда MSBuild пытается загрузить и затем отменить сборку из COM во время «очистки». Проблема возникает, если сборка имеет зависимость от другого проекта, потому что зависимость будет удалена первой и, следовательно, загрузка сборки не удастся, и MSBuild не сможет отменить ее регистрацию.
Обходной путь - изменить файл .cache решения (который содержит цели, автоматически сгенерированные MSBuild во время «сборки») и изменить порядок цели «Очистить». Я собрал пользовательскую задачу быстрого исправления, чтобы сделать это как шаг после сборки.
Не знаю, было ли это исправлено в VS2010 или действительно ли это соответствует вашей проблеме, поскольку вы не даете много подробностей в своем вопросе;)