Пока Google не публикует свои методы индексации, мы никогда не узнаем наверняка. Но я очень сомневаюсь, что пауки будут игнорировать ссылки, потому что они находятся в скрытых элементах. Текст и ключевые слова, да. А ссылки? Нет. По моему опыту, все боты жадны, чтобы индексировать как можно больше интернета.
Если вы хотите убедиться в этом, подумайте о том, чтобы иметь второе меню, которое никогда не будет скрыто и которое отображает ссылки соседей на текущей странице. Может быть, есть все ссылки текущей категории в виде небольших ссылок в нижнем колонтитуле. Таким образом, вы можете быть уверены, что каждая ссылка будет видна на некоторой странице, доступной по ссылке уровня 1 с другой страницы.
На самом деле, я думаю, что я видел сайты, делающие это, хотя у них были выпадающие меню. Может быть, в этом причина.