Без регулярных выражений (может быть немного более многословным, но также более простым для понимания):
hay = "The fox jumped up the tree."
needle = "umpe"
print hay.replace(needle, "<strong>%s<strong>" % needle)
РЕДАКТИРОВАТЬ после дополнительной спецификации: , если вы хотите заменить без учета регистра (что не может сделать обычная замена строки):
import re
hay = "The fox jUMPed up the tree."
needle = "umpe"
regex = re.compile('(%s)' % needle, re.I)
print regex.sub('<strong>\\1</strong>', hay)