Возможно, ваш контроль перекрашивается без вашего ведома.
Чтобы попытаться исключить это, я бы добавил событие Form Load и принудительно установил следующие свойства:
private void Form1_Load(object sender, EventArgs e)
{
this.panel1.BackColor = System.Drawing.Color.Maroon; // or any other color
this.panel1.Visible = true
}
А на конструкторе я бы вывел управление на первый план.