Один из способов сохранить информацию о новой строке с помощью JSoup - это поставить перед всеми тегами новой строки некоторую фиктивную строку, выполнить JSoup и заменить фиктивную строку на "\ n".
String html = "<p>Line one</p><p>Line two</p>Line three<br/>etc.";
String NEW_LINE_MARK = "NEWLINESTART1234567890NEWLINEEND";
for (String tag: new String[]{"</p>","<br/>","</h1>","</h2>","</h3>","</h4>","</h5>","</h6>","</li>"}) {
html = html.replace(tag, NEW_LINE_MARK+tag);
}
String text = Jsoup.parse(html).text();
text = text.replace(NEW_LINE_MARK + " ", "\n\n");
text = text.replace(NEW_LINE_MARK, "\n\n");