Есть ли конкретная причина, по которой вы не используете базу данных для этого? это кажется нормальным и естественным делом - или сохранить набор настроек в БД, набранный по идентификатору пользователя или что-то в этом роде.
Вы не описали шаблоны использования веб-сайта, а просто думали об общем веб-сайте - но я бы подумал, что сохранение настроек в базе данных приведет к гораздо меньшему количеству дискового ввода-вывода, чем при использовании файлов.
OTOH, для настроек, которые могут использоваться клиентским кодом, их хранение в виде javascript в статическом файле, который можно кэшировать, было бы удобно - за счет наличия нескольких мест, где у вас могут быть настройки. (Я бы, вероятно, сохранил эти настройки в БД и перестроил статические файлы при необходимости)