Это частично зависит от вашего стиля работы, так как все варианты имеют свои сильные и слабые стороны.
Если вам требуется рефакторинг в смешанных проектах Java / Scala, то IntelliJ - ваш единственный вариант.
Если вы хотите выполнить какую-либо работу над компилятором или плагином компилятора, то Eclipse имеет преимущество в том, что может запускать рабочее пространство во время выполнения с пользовательской сборкой компилятора, включая точки останова.Он также значительно улучшился для версии 2.8 Scala.
Netbeans - прекрасный выбор, если вы уже хорошо знакомы с этой платформой, затраты на изучение новой среды могут значительно перевесить любые преимущества, и всетри решения быстро улучшаются.