У Javascript нет родного способа узнать, когда закончится воспроизведение Flash. Вы можете установить таймер в javascript, чтобы удалить его, если SWF всегда будет воспроизводиться в течение установленного времени, или добавить внешний интерфейс во флэш-памяти, чтобы отправить вызов JS, когда он завершит воспроизведение.
Добавьте это в последний кадр SWF или в функцию уничтожения:
import flash.external.ExternalInterface;
if (ExternalInterface.available)
ExternalInterface.call("JavaScriptFunctionNameToCallWhenDone", true);