Для меня проблема заключалась в добавлении файлов .Double в каждый каталог на общем сетевом диске. В основном мы работаем в среде Windows, и Mac сохранял двойные файлы на диске в каждом каталоге.
Буквально, чтобы исправить проблему, о которой говорилось выше, я просто удалил .Double файлы в каждом каталоге (приложения, копируемого в iTunes), и он исправил это.
Надеюсь, это кому-нибудь поможет!