Команда, подобная следующей, должна работать
msbuild YourSolution.sln /tv:3.5 /p:TargetFrameworkVersion=v3.5
или
msbuild YourSolution.sln /p:TargetFrameworkVersion=v3.5
/ tv (или / toolsversion) Указывает, какую версию инструментов MSBuild вы хотите использовать, а свойство TargetFrameworkVersion указывает целевую платформу. В вашем случае достаточно указать это свойство, но если вы хотите использовать набор инструментов 3.5 MSBuild, вы можете разделить его с помощью / tv, как я делал в первой команде.