Боюсь, я согласен с Даффимо. Я не думаю, что вы найдете надежный автоматический способ удаления закомментированного кода. Я уверен, что если вы будете искать достаточно усердно, вы найдете один, но ваше время будет лучше потрачено на вашу работу.
Я был в этой ситуации в прошлом (слишком часто), и в итоге я удаляю закомментированный код, работая над различными модулями.
В качестве примера я открываю класс Person для внесения изменений и вижу закомментированный код, который еще не удален. Я извлекаю код (мы используем VSS), удаляю плохой код, проверяю его и, наконец, проверяю его, чтобы выполнять свою работу.
Требуется время, чтобы все ушло, но я считаю, что это эффективное использование времени для решения проблемы.