Если я правильно помню, нет способа сделать это программно. Есть варианты сделать это. Я думаю, что сделал это в прошлом, создав проект Windows, но без кода Windows Forms (я просто включаю файлы из моего консольного приложения). Окно консоли не появилось. Я считаю, что я сделал это в Code :: Blocks один раз, изменив параметр в графическом интерфейсе. Мне жаль, что я не могу быть конкретным, но я использую Visual Studio 2010 RC и способ, которым я это делаю, может отличаться от вашего.
Ваш комментарий заставляет меня думать, что вы порождаете процессы. Вы делаете это с помощью функции, которую вы вызываете. Я не знаю, какой язык вы используете (я предполагаю, что C, потому что вы сказали, что запускаете созданное вами приложение C?), Но есть либо флаг, чтобы сказать скрыть окно, либо (или флаг не устанавливайте его не показывать) или используйте альтернативную функцию, которая делает то же самое, но запускает процесс другим способом. Попробуйте shellexecute и system ().