Несмотря на то, что это очень старый вопрос, я хотел бы уточнить: «пакеты» уровня Java (о чем вопрос) и «пакеты» Android .APK - это два разных зверя. «Пакеты» на уровне Java - это пространства имен для организации классов в вашем приложении, тогда как имя «пакета» для Android предоставляет глобально уникальный идентификатор для всего вашего приложения.
Обычно, по крайней мере, часть источников Java в проекте находится в «пакете» (пространстве имен) уровня Java, соответствующем имени пакета Android приложения, но это просто для удобства и совсем не требуется. Очень часто в вашем приложении есть несколько пакетов Java. Добавление в проект сторонних Java-классов с различными пространствами имен не влияет на имя результирующего пакета Android. Весь проект должен иметь глобально уникальное имя пакета Android, определенное в Манифесте, который позже используется для идентификации вашего приложения в Google Play.