Не уверен, что я понимаю, какую часть вы хотите центрировать, но предполагая все это:
.popLayerWrapper {
position: absolute;
width: 40%; /* could be anything */
left: 50%;
margin-left: -20%; /* half of width */
height: 40%; /* again, could be anything */
top: 50%;
margin-top: -20%; /* half of height */
}