Вы можете использовать несколько устройств, но на уровне Java все события мыши объединяются в один поток. В событии не указывается, с какой мыши оно пришло. Вы сказали, что хотите микшировать аудио, верно? Ну, этот микс может быть интересным, но, конечно, не то, что вы хотите.
Я бы предложил использовать MIDI-интерфейс с поддержкой Java и подключить несколько простых устройств MIDI-контроллеров с несколькими регуляторами или трекболом. Они появятся как миди-события, и вы сможете проверить состояние для получения необходимых деталей.