Для этого вам необходимо преобразовать проект в проект веб-приложения (поддерживается в Visual Studio 2005 с пакетом обновления 1 (SP1) и Visual Studio 2008).
Процесс конвертирования не так сложен, но вам нужно будет переместить все из папки app_code, поскольку проекты WAP (проекты веб-приложений) не имеют кода внутри кода app_code.
После того, как вы это сделаете, все внутри вашего проекта скомпилировано в один файл DLL, все внешние сборки все еще содержатся в своих собственных файлах DLL, но есть варианты и для этого.