Обобщая мой опыт работы с корпоративными объектами (из которых произошли базовые данные), я бы сказал, что оба ваших сценария будут одинаково быстрыми без индексации, а второй - немного медленнее с индексированием.
При использовании и хранилище SQL стоимость добавления одного объекта в значительной степени фиксирована независимо от количества других объектов на графике. Индексирование вызывает эффект масштабирования, поскольку индекс зависит от других существующих объектов. Однако в подавляющем большинстве случаев это несущественно.
Чем сложнее отношения внутри графа, тем больше экономия зависит от общего размера графа. Очевидно, что если у вас есть граф только с десятью объектами, то никакие отношения не могут содержать более десяти объектов. Если у вас есть один с 10 000, отношения потенциально намного больше и требуют больше времени для обработки.
В целом, на базовые данные с хранилищем SQL практически не влияет размер графика.