Использование std :: fstream .
Более простой std :: ofstream не будет работать. Это усечет ваш файл (если вы не используете опцию std :: ios_base :: app, а это не то, что вам нужно).
std::fstream s(my_file_path); // use option std::ios_base::binary if necessary
s.seekp(position_of_data_to_overwrite, std::ios_base::beg);
s.write(my_data, size_of_data_to_overwrite);