Вы можете использовать внешнюю папку dropins с настройкой (в вашем eclipse.ini ):
-Dorg.eclipse.equinox.p2.reconciler.dropins.directory=C:/jv/eclipse/mydropins
Теперь уловка:
Если вы устанавливаете новый плагин через сам Eclipse, он установит его непосредственно в свои собственные plugins
/ features
внутренние каталоги.
Вы должны переместить эти jar-файлы в похожую структуру каталогов в вашем внешнем каталоге dropins.
Так что это не точное решение для вашей проблемы, но, по крайней мере, это позволяет вам изолировать эти плагины в общем внешнем каталоге, который будет считываться различными установками Eclipse при каждом запуске сессии Eclipse.