Я сталкивался с той же проблемой при запуске git для Windows (msysgit) в Windows 7 x64 в качестве учетной записи с ограниченными правами в течение некоторого времени. Из того, что я читал здесь и в других местах, общей темой, похоже, является отсутствие административных привилегий и / или UAC. Поскольку UAC в моей системе отключен, объяснение того, что оно пытается что-то записать / удалить в каталоге программных файлов, имеет для меня наибольшее значение.
В любом случае, я решил мою проблему, установив переносную версию git 1.8 с zipinstaller. Обратите внимание, что для работы zipinstaller мне пришлось распаковать дистрибутивный файл .7z и упаковать его как zip. Мне также пришлось вручную добавить этот каталог в системный путь.
Производительность в порядке сейчас. Несмотря на то, что он установлен в каталоге Program Files (x86), для которого у меня нет разрешений как для ограниченного пользователя, похоже, что он не страдает от той же проблемы. Я приписываю это либо факту, что портативная версия немного более консервативна в том, где она пишет / удаляет файлы, что, вероятно, имеет место, либо обновлению с 1.7 до 1.8. Я не собираюсь пытаться определить, какая из них является причиной, достаточно сказать, что это работает намного лучше сейчас.