Просто добавьте уникальное ограничение:
Alter Table TableName
Add Constraint UC_TableName_Col1Col2 Unique ( Col1, Col2 )
SQL Server создает уникальный индекс при создании уникального ограничения. Если кластеризованный индекс уже существует, то приведенное выше создаст этот индекс как некластеризованный. Тем не менее, вы можете быть явно так:
Alter Table TableName
Add Constraint UC_TableName_Col1Col2 Unique Nonclustered ( Col1, Col2 )