Попробуйте отследить ваш клик с помощью console.log, скорее всего, ваш элемент нажимается несколько раз.
Кроме того, если у вас есть положение захвата при прокрутке, убедитесь, что нажатие на кнопку находится за пределами прокрутки. Вот так я исправил эту же проблему.
$(window).on('scroll', function()){
if (scrollTop.length > 0) {
if ($(this).scrollTop() > 500) {
scrollTop.fadeIn();
} else {
scrollTop.fadeOut();
}
}
}
// the click event has to be outside of the scroll event
scrollTopButton.click(function() {
$("html,body").animate({
scrollTop: 0
}, 1000);
return false;
});