Если я прав, я думаю, что это проблема CSS, а не проблема jQuery.
Насколько я понимаю, значение по умолчанию свойства CSS "position" является статическим (не абсолютным, относительным), и позиционирование вычисляется относительно первого предка, который не установлен в static.
Если у элемента нет предка с нестатической позицией, элемент будет расположен относительно блока html.
Если вы хотите расположить div относительно div-оболочки, попробуйте установить свойство позиции div-оболочки для чего-то отличного от static (относительное, абсолютное), в зависимости от ваших потребностей.
Вот простой пример, демонстрирующий это ..
<html>
<style type="text/css">
.divOuter { border:1px solid Green; width:350px; height:50px; padding:2px; margin-left:80px; }
.divInner{border:1px solid Blue; width:200px; height:50px; padding:2px; position:absolute; left:100px;}
</style>
<body>
<div class="divOuter">
<div class="divInner">
positioned relative to html block
</div>
</div>
<div class="divOuter" style="position:relative;">
<div class="divInner">
positioned relative to parent div
</div>
</div>
</body>
</html>