Поскольку вы упомянули, что работаете в системе NFS, есть ли у вас доступ к этим семафорам и общей памяти ? Я думаю, что вы неправильно поняли, что это такое, они представляют собой код API, который позволяет процессам взаимодействовать друг с другом, семафор s - это решение для предотвращения условий гонки и для потоков, чтобы общаться друг с другом, в простом ответе они не оставляют следов в любой файловой системе.
Разве вы не используете розетку или трубу? У вас есть необходимые разрешения для их удаления, почему они в системе NFS?
Надеюсь, это поможет,
С наилучшими пожеланиями,
Том.