Что ж, вы, вероятно, могли бы расширить / заменить существующее представление консоли и добавить опцию для записи в stdout / stderr.
Если вы говорите о Java-программе и хотите, чтобы она открыла новое консольное окно для stdout / stderr, вам, вероятно, придется изменить модуль запуска JDT.
Зачем тебе это делать? Я считаю, что гораздо удобнее иметь stdout / stderr в консоли Eclipse.