У меня была такая же проблема: встроить MKMapView в пользовательский UITableViewCell.
После одного дня насмешек мне посчастливилось найти решение. В моем случае решение оказывается очень простым. Проблема связана с высотой ячейки, определенной в моем пользовательском tableView heightForRowAtIndexPath: (NSIndexPath *) indexPath слишком коротка для MKMapView. Вы не узнаете по его внешнему виду. На самом деле вы можете определить представление пользовательской ячейки таблицы намного выше, чем определено в heightForRowAtIndexPath. И угадайте, что, внешний вид будет определяться высотой представления ячейки пользовательского представления таблицы. Но это не будет работать правильно. Область, выходящая за пределы, определенная в heightForRowAtIndexPath, не реагирует на какие-либо взаимодействия с пользователем. Вот почему мой MKMapView не масштабируется и не перемещается, когда он встроен в ячейку табличного представления. Это ошибка компилятора, которую, я надеюсь, Apple исправит.
Также убедитесь, что вы отключили прокрутку tableView, иначе вы не поймете, какую прокрутку следует прокрутить.