private var lc : LocalConnection = new LocalConnection();
private var connectionString = mySWFLoader.content["connectionString"];
lc.send( connectionString, "thisIsMyMethod", "theseAreMyParameters" );
Редактировать: не нужно JavaScript или сторонних языков, просто посмотрите полный учебник для общения между двумя приложениями Flex ЗДЕСЬ