Ответ зависит от того, кто будет использовать ваше приложение и насколько широко оно будет распространяться. Люди из Unix / Linux обычно предпочитают использовать существующие библиотеки, потому что они используются для каждой машины, являющейся машиной разработки, которая может перестраивать свое собственное программное обеспечение из исходного кода. Отчасти это связано с необходимостью, поскольку библиотеки нативного кода обычно должны компилироваться и связываться с локальной средой. Но для Windows это совершенно иное предложение, поскольку большинство пользователей не могут, не будут и даже не должны этого делать, поэтому вам следует подумать о том, как использование этих сторонних библиотек повлияет на ваши планы распространения - с точки зрения лицензия, с точки зрения размера загрузки, удобства использования и т. д.
Вы говорите о py2exe, который предлагает мне сделать однофайловый исполняемый файл для распространения среди пользователей Windows. Это означает, что вашей главной заботой будет совместимость (поскольку библиотеки, содержащие нативный код, могут работать только на одном типе платформы - хотя код Win32 должен подойти) и размер, так как py2exe не будет ничего хитрого в отношении зависимостей; ожидайте, что все это будет включено в ваш исполняемый файл. Лучший подход - это упаковать вещи и посмотреть, что получится. Это простой и неразрушающий шаг, поэтому вам следует попробовать его как можно скорее.
Вам также необходимо учитывать лицензии любых библиотек, которые вы распространяете. Опять же, толпа «повторного использования всего» иногда забывает об этом, потому что они часто работают над программным обеспечением, которое им не нужно распространять, и поэтому это не проблема. Для вас это может быть, особенно если у вас есть код, принадлежащий вашему работодателю или учреждению, хотя важно понимать, что когда вы распространяете приложения Python, вы, по сути, распространяете исходный код, чтобы кто-нибудь мог его посмотреть.