Кажется невозможным изменить координату объекта MKAnnotation, а затем сообщить MKMapView об изменении.
Однако удаление предыдущей аннотации с карты, изменение координаты объекта аннотации и добавление его обратно на карту работает хорошо.
[theMapView removeAnnotation:myAnnotation];
[myAnnotation setLatitude:newLatitude];
[theMapView addAnnotation:myAnnotation];
Почему ты не хочешь сделать это таким образом?