Эта проблема только что возникла у меня, и, к сожалению, ни одно из предложений здесь не помогло мне. Перепробовав много вещей, я наконец узнал, что произошло, и надеюсь, что это поможет другим.
Вчера я скачал много нового с помощью Android SDK Manager. После этого я обновил плагин Android Eclipse. Сегодня, после очистки Eclipse, файл R исчез и перестал генерироваться.
Причина была в том, что список доступных SDK (в настройках -> android) почему-то был пуст. После повторного указания на правильный каталог он перезагрузился и показал доступные SDK. Когда я закрыл настройки и попробовал другую сборку, все пришло в норму.
На прикрепленном изображении вы видите список уже заполненных SDK. Пока проблема возникала, она была пуста.
Я надеюсь, что это может помочь другим!