Вы можете просто использовать инструмент apnet_regiis, просто сделайте
C:\WINDOWS\Microsoft.Net\Framework(64)\(.Net version)\aspnet_regiis -pe "connectionStrings"
для конкретного приложения вы можете использовать аргумент приложения -app имя приложения , а для конкретного сайта вы также можете использовать аргумент сайта "-site идентификатор сайта ".
Подробнее см. http://msdn.microsoft.com/en-us/library/dtkwfdky.aspx.
Обратите внимание, что это работает только для веб-приложения, а не для приложения Windows.
Также обратите внимание, что вы должны запускать его из командной строки с повышенными привилегиями («запуск от имени администратора»).