Звучит так, как будто вы хотите использовать архив для группировки ваших файлов.
С точки зрения чтения файлов , разница в том, обрабатываются ли файлы так или иначе, очень мала. Вы должны были бы реализовать способность читать файлы почтового индекса, все же. Даже если вы используете библиотеку, как предложил Джеймс Керран, это означает дополнительную работу, которая может означать дополнительные источники ошибок.
С точки зрения загрузки файлов это имеет больше смысла: загрузчик может собрать все необходимые файлы и должен будет позаботиться только об одной загрузке. Это уменьшает накладные расходы, а также обработку ошибок (если происходит сбой одного обновления, нужно ли удалять все файлы этой группы, уже загруженные?).
Что касается эффективности чтения их из архива и чтения их непосредственно с диска: разница должна быть минимальной. Вам (или вашей zip-библиотеке) необходимо один раз проанализировать структуру zip-каталогов, что довольно просто. Остальное - чтение части файла в память или чтение файла в память.